O estudo da bioacústica é uma das pesquisas desenvolvida pela equipe do Projeto Toninhas/Univille na Baía da Babitonga. A bioacústica objetiva analisar os sons produzidos pelos animais, incluindo sua caracterização física e sua função ecológica no ambiente onde vivem.
Todos os golfinhos produzem sons, incluindo sons de alta freqüência, conhecidos como ultrassom, que são muito importantes para a comunicação dos animais, reconhecimento do habitat e captura de presas. Contudo, no caso da toninha, muito pouco se sabe. Com o patrocínio da Petrobras, através do Programa Petrobras Ambiental, o Projeto Toninhas vem desenvolvendo estudos inéditos para compreender melhor este aspecto da vida das toninhas.
Com o objetivo de aprimorar estes estudos, o Projeto Toninhas/Univille está trabalhando em parceria com o Dr. Tadamichi Morisaka, do Wildlife Research Center, da Universidade de Kyoto, Japão. Desde o dia 26/02/12 o Dr. Morisaka está em São Francisco do Sul, onde permanecerá até o dia 08/03/12. Os trabalhos estão sendo realizados na Baía da Babitonga. Além de caracterizar os sons produzidos pela toninha, o trabalho também objetiva analisar os efeitos da poluição sonora subaquática sobre a espécie e trará subsídios para compreender a evolução dos mecanismos de produção de sons nos golfinhos. A Baía da Babitonga abriga uma população residente de toninhas, única espécie de golfinho ameaçada de extinção no Brasil.